Le nom Flaujagues veut dire « ici le flot gît » (c’est une référence à la vague mythique du Mascaret, qui termine sa course à cet endroit).
Située sur la rive gauche de la Dordogne, Flaujagues est réputée pour son port ayant connu un important trafic au cours des siècles passés. En témoigne la cale superbement conservée, datant du début du XIXe siècle, et pourvue d’un quai principal et de deux plans inclinés de mise à l’eau.
Le village est indissociable du nom de Pierre Loti, célèbre écrivain et voyageur qui s’est marié à une enfant du pays (Blanche Franc de Ferrière). L’auteur aimait s’évader dans ce lieu pour y écrire et y puiser son inspiration. Un banc, où il aimait pratiquer la contemplation, a même hérité de son nom.
Flaujagues possède également une église, dédiée à Saint-Martin, qui remonte au XVIIe siècle et qui a connu des restaurations au cours des XIXe et XXe siècles.
